Como parte del complejo que conforman la iglesia colonial más antigua de Santiago y su claustro, que hoy alberga al museo con la mayor colección de arte virreinal de Chile, este jardín refleja el legado de la Orden Franciscana de cuidado y respeto por todas las criaturas vivientes.
El convento de San Francisco llegó a ser un gran complejo que tenía cinco patios, emplazado en un terreno que se extendía desde lo que hoy conocemos como Alameda hasta Avenida Matta, y desde San Francisco hasta San Diego. El patio del primer claustro no era tan verde como lo es hoy. Solo a principios del siglo XX, en que el conjunto se redujo, comenzó a ser un jardín más verde, acrecentando su flora gracias a algunas donaciones que hacían visitas ilustres.
Rodeado por salones que conservan cuadros, retablos y figuras religiosas, el jardín es hoy una isla vegetal biodiversa en medio de Santiago centro. Con aproximadamente 1.800 metros cuadrados, tiene cerca de 40 tipos de especies arbóreas entre nativas e introducidas, contando con algunos ejemplares que superan los 100 años de vida. Se encuentran acá magnolios, naranjos, palmas, alcornoques, peumos, quillayes, palquis, paltos, nísperos y una antigua araucaria, entre otros.
Sus enredaderas siempreverdes se entremezclan con diversos tipos de arbustos y flores, como mantos de eva, calas y rosas. Y junto a las columnas toscanas que caracterizan los pasillos circundantes, se encuentran macetas con flores y enredaderas colgantes, además de una hermosa buganvilia que asciende desde una gran vasija de greda hasta las tejas del convento.
El recorrido por los senderos del jardín está lleno de sorpresas, como las esculturas de San Francisco de Asís y de la Virgen con el niño, una huerta medicinal que es cuidada siguiendo la tradición de los frailes franciscanos, y la fuente de agua con sus peces y tortugas. También que se roban la atención de quien visita el jardín algunos habitantes muy particulares que se pasean libremente por él, como Antonio, el gallo de la pasión, y la familia de pavos reales conformada por Clarita, Crisóstomo y su hijo Andrés, cuyos nombres honran a santos franciscanos.